EVALUACIÓN DE DIFERENTES MÉTODOS DE EXTRACCIÓN DE DNA METAGENÓMICO DE LA RIZÓSFERA DE Moringa oleífera.

Abstract

El presente informe técnico de residencia profesional forma parte del proyecto “Estudio del perfil metabolómico de hojas de Moringa oleífera fertilizadas con vermicomposta”, en el cual se estudió a nivel invernadero las comunidades microbianas de la rizósfera de Moringa oleífera de diferentes tipos de suelo (nativos y agrícolas) provenientes del municipio de la Concordia en el estado de Chiapas, México, con el objetivo de evaluar el efecto de la vermicomposta en éstos y sobre el metaboloma del cultivo orgánico de Moringa oleífera, ya que se ha reportado que este material orgánico mejora la calidad del suelo en cuanto a sus características físicoquímicas; a su vez, estas propiedades favorecen el crecimiento de microorganismos capaces de mejorar la fertilidad del suelo, mismos que afectan el crecimiento y desarrollo de las plantas. El estudio del suelo rizosférico es de importancia ya que existe una cantidad significativa de microorganismos no-cultivables (95-99%) por lo que muchas especies bacterianas aún son desconocidas para el hombre. La planta con la que tuvo interacción el suelo colectado fue Moringa oleifera, ya que es una fuente y fácilmente disponible de nutrientes esenciales y nutracéuticos, y con características favorables en cuanto a condiciones de crecimiento para el desarrollo del experimento. Para el estudio de las comunidades microbianas se obtuvo DNA metagenómico de muestras de suelo de los días 0, 45 y 90 mediante tres métodos de extracción: Valenzuela-Encinas et al. (2008), Lisis enzimática (Griffiths et al., 2000) y Hoffman y Winston (1987). Se evaluó la calidad del DNA extraído por electroforesis en gel de agarosa y se cuantificó la concentración por nanoespectrofotometría mediante Nanodrop One. Los resultados indicaron que el método de Valenzuela-Encinas permitió obtener un mejor rendimiento en la extracción de DNA seguido del método de Lisis enzimática y Hoffman y Winston, sin embargo, la pureza de lo obtenido es muy baja, la concentración de DNA efectivamente aumentó a través del tiempo pero ya que el desarrollo de la planta mantiene interacción con la rizósfera, se deduce que la tasa de fertilización de vermicomposta no fue la adecuada para el crecimiento de la planta y por lo tanto para el aumento de la comunidad microbiana.